{"id":6522,"date":"2025-04-16T12:29:05","date_gmt":"2025-04-16T11:29:05","guid":{"rendered":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/?post_type=raziskave&#038;p=6522"},"modified":"2025-04-23T11:25:00","modified_gmt":"2025-04-23T10:25:00","slug":"huda-gniloba-cebelje-zalege-z-genetska-tipizacija-povzrocitelja-bolezni","status":"publish","type":"raziskave","link":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/raziskave\/huda-gniloba-cebelje-zalege-z-genetska-tipizacija-povzrocitelja-bolezni\/","title":{"rendered":"Ugotavljanje poti \u0161irjenja hude gnilobe \u010debelje zalege z genetsko tipizacijo sevov povzro\u010ditelja bolezni (CRP projekt-V4-1804)"},"content":{"rendered":"<h3><strong>Namen in cilji raziskave<\/strong><\/h3>\n<p>\u010cebelarstvo ima v Sloveniji dolgoletno tradicijo. Po eni strani lahko govorimo o pomembni kmetijsko-gospodarski panogi, po drugi strani pa ima \u010debelarstvo edinstveno vlogo pri ohranjanju kulturne dedi\u0161\u010dine naroda. Glavni namen \u010debelarstva je \u0161e vedno pridobivanje \u010debeljih pridelkov (med, cvetni prah, propolis, vosek, mati\u010dni mle\u010dek in \u010debelji strup), ki so nepogre\u0161ljivi v prehrani ljudi in imajo dokazano pozitivne u\u010dinke na zdravje, uporabljajo pa se tudi v farmacevtski industriji. \u010cebele imajo izredno pomembno vlogo tudi pri opra\u0161evanju kulturnih rastlin ter s tem neprecenljiv gospodarski in naravovarstveni pomen v \u0161ir\u0161em smislu.<\/p>\n<p>V Sloveniji je dovoljeno \u010debelariti samo s kranjsko sivko Apis melifera carnica, avtohtono \u010debeljo pasmo, ki ima zna\u010dilne ugodne morfolo\u0161ke in etolo\u0161ke lastnosti. \u017dal so \u010debelje dru\u017eine podvr\u017eene \u0161tevilnim nalezljivim boleznim, med katerimi sta gospodarsko najpomembnej\u0161i predvsem varoza in huda gniloba \u010debelje zalege. Huda gniloba \u010debelje zalege (ang. American foulbrood, AFB) je zelo nalezljiva in ena izmed najhuj\u0161ih bolezni \u010debelje dru\u017eine, ki se pojavlja predvsem na obmo\u010djih, v katerih \u017eivi medonosna \u010debela (A. melifera). Povzro\u010ditelj bolezni je po Gramu pozitivna, sporogena bakterija Paenibacillus larvae, ki prizadene zelo mlade \u010debelje li\u010dinke.<\/p>\n<p>Diagnostika bolezni v Sloveniji trenutno temelji na klasi\u010dni mikrobiolo\u0161ki metodi z izolacijo povzro\u010ditelja na goji\u0161\u010dih, ki spodbujajo kalitev spor in rast P. larvae. \u00a0zadnjem \u010dasu pa smo ob klasi\u010dni diagnostiki na osnovi biokemijskih lastnosti, ki je lahko precej zamudna (za P. larvae traja 4\u201310 dni), tudi v Sloveniji za\u010deli vpeljevati metodo dolo\u010danja bakterijskih povzro\u010diteljev na osnovi masne spektrometrije z aparaturo MALDI-TOF. Za genotipizacijo pridobljenih izolatov P. larvae je najbolj uveljavljena genotipizacijska metoda ERIC-PCR, ki temelji na pomno\u017eevanju ponavljajo\u010dih se ohranjenih genskih zaporedij. Opisani so \u0161tirje genotipi P. larvae (ERIC I\u2013IV), v klini\u010dnih primerih pa se pojavljata samo genotipa ERIC I in II.<\/p>\n<p>Vsi izolate P. larvae, pridobljeni v okviru projekta, bodo tipizirani z metodo ERIC-PCR in s tem dolo\u010dili prevalenco tipov ERIC v Sloveniji, ki do danes \u0161e ni poznana. Ugotavljala se bo povezava tipov ERIC s pripadajo\u010do klini\u010dno sliko in preu\u010dena bo smotrnost spremembe smernic za zamejitev bolezni v povezavi s pripadajo\u010dim tipom ERIC. Vpeljava metode ERIC bo omogo\u010dila tudi ugotavljanje genotipa ERIC pri prospektivnem spremljanju izbruhov hude gnilobe.<\/p>\n<p>V okviru projekta bo vpeljana tudi molekularna kvantifikacija bakterije P. larvae v vzorcih medu z metodo PCR (ang. polymerase chain reaction). Za ta namen bosta uporabiljeni metodi qPCR (PCR v realnem \u010dasu) in dPCR (digitalni PCR). Glavna prednost metode dPCR je zmo\u017enost absolutne kvantifikacije, ki bo omogo\u010dila, da se bo metodo qPCR umerilo glede na rezultate dPCR brez potrebe po \u0161tetju bakterij z goji\u0161\u010dno metodo, ki je v primeru spor dokaj nezanesljiva.<\/p>\n<h4>Cilji:<\/h4>\n<ul>\n<li>Za izolate P. larvae (vsaj 500) iz let 2017\u20132019 iz celotne Slovenije sestaviti podatkovno zbirko s pridru\u017eenimi epizootiolo\u0161kimi podatki ter za izolate iz leta 2019 pripraviti tudi anketni vpra\u0161alnik za pridobivanje usmerjenih podatkov.<\/li>\n<li>V bakteriolo\u0161ko diagnostiko vpeljati identifikacijo P. larvae z masno spektrometrijo MALDI\u2010TOF.<\/li>\n<li>Izdelati test in vpeljati metodo qPCR za hitro in zanesljivo kvantifikacijo spor P. larvae v vzorcih medu, metodo umeriti z dPCR ter ugotoviti morebitno povezavo med \u0161tevilom spor in klini\u010dnimi znaki HG\u010cZ v \u010debeljih dru\u017einah.<\/li>\n<li>Vpeljati tipizacijo P. larvae z metodo ERIC\u2010PCR ter tipizirati ve\u010dje \u0161tevilo izolatov (vsaj 500) iz let<\/li>\n<li>Vpeljati metodo WGS za tipizacijo P. larvae, ugotoviti poti \u0161irjenja klonov P. larvae v Sloveniji ter postaviti genetsko mejo za opredelitev genetsko povezanih (klonalnih) izolatov, ki so udele\u017eeni v izbruhih.<\/li>\n<li>Posodobiti priporo\u010dila za omejitev \u0161irjenja HG\u010cZ.<\/li>\n<\/ul>\n<h3><strong>Rezultati:<\/strong><\/h3>\n<p>V okviru projekta so bili analizirani retrospektivno (iz let 2017 in 2018) ter prospektivno (iz leta 2019) pridobljeni izolati <em data-start=\"213\" data-end=\"235\">Paenibacillus larvae<\/em> iz izbruhov hude gnilobe \u010debelje zalege (HG\u010cZ) v Sloveniji; izolati so izvirali iz medu in zalege. Med pomembnej\u0161e dose\u017eke projekta sodijo: (i) z anketnim vpra\u0161alnikom, ki je bil posredovan \u010debelarjem in veterinarjem, so bili pridobljeni natan\u010dni podatki o \u010debelarski praksi v Sloveniji; (ii) v diagnosti\u010dni postopek je bila vpeljana masna spektrometrija MALDI-TOF za identifikacijo izolatov <em data-start=\"628\" data-end=\"639\">P. larvae<\/em>, kar je bistveno skraj\u0161alo \u010das bakteriolo\u0161kih preiskav; (iii) razvit je bil molekularni test qPCR (PCR v realnem \u010dasu) za zanesljivo \u0161tetje spor <em data-start=\"785\" data-end=\"796\">P. larvae<\/em> v \u010debeljih vzorcih, umerjen z digitalnim PCR, s \u010dimer je omogo\u010dena absolutna kvantifikacija. Ugotovljeno je bilo, da imajo klini\u010dno pozitivne dru\u017eine zna\u010dilno ve\u010d spor kot klini\u010dno negativne. Primerjava s \u0161tevno goji\u0161\u010dno metodo je pokazala slabo (0,52%) in nekonsistentno (0,04\u20136,05%) kalitev spor <em data-start=\"1095\" data-end=\"1106\">P. larvae<\/em>; (iv) vpeljana je bila metoda ERIC-PCR za tipizacijo sevov, tipizirano je bilo ve\u010dje \u0161tevilo izolatov (n=583), analiza pomno\u017ekov pa je bila izvedena s kapilarno elektroforezo. Ugotovljeno je bilo, da v Sloveniji prevladuje tip ERIC II (70,2%); (v) uporabljena je bila metoda sekvenciranja celotnih genomov (WGS) za identifikacijo in sledenje izbruhom HG\u010cZ. Razvita je bila stabilna shema wgMLST (tipizacija na osnovi zaporedij lokusov celotnega genoma), ki je bila implementirana v programu BioNumerics in omogo\u010da standardizirano bioinformacijsko obdelavo podatkov WGS. Dolo\u010dena je bila mejna vrednost za genetsko povezane (klonalne) izolate <em data-start=\"1749\" data-end=\"1760\">P. larvae<\/em> (\u226435 alelov wgMLST), odkrit pa je bil tudi nov sekven\u010dni tip (ST30). Z obse\u017enim sekvenciranjem izolatov (n=202) je bilo znatno pove\u010dano \u0161tevilo genomskih zaporedij v javno dostopnih podatkovnih bazah. Ugotovljeno je bilo, da je velikost ku\u017enega kroga ustrezna pri naravnem prenosu <em data-start=\"2042\" data-end=\"2053\">P. larvae<\/em> med \u010debeljimi dru\u017einami, medtem ko so bili prenosi klonov na ve\u010dje razdalje posledica prevozov, najverjetneje oku\u017eenih \u010debeljih dru\u017ein. Ker je bilo potrjenih ve\u010d tak\u0161nih primerov, je bila predlagana uvedba veterinarskih klini\u010dnih pregledov dru\u017ein pred prevozom.<\/p>\n<p>Klju\u010dne besede: <em>huda gniloba \u010debelje zalege (angl. American foulbrood, AFB), Paenibacillus larvae, poti \u0161irjenja, ku\u017eni krog, genotipizacija, ERICPCR, sekvenciranje celotnih genomov (angl. whole genome sequencing, WGS)\u00a0<\/em><\/p>\n<h3><strong>Kontakt vodilnega partnerja:<\/strong><\/h3>\n<ul>\n<li><strong>Ime in priimek kontaktne osebe vodilnega partnerja:<\/strong> Darja Ku\u0161ar<\/li>\n<li><strong>Institucija:\u00a0<\/strong>Univerza v Ljubljani, Veterinarska fakulteta<\/li>\n<li><strong>Naslov institucije:<\/strong> Gerbi\u010deva ulica 60<\/li>\n<li><strong>E-naslov institucije:<\/strong> glavna.pisarna@vf.uni-lj.si<\/li>\n<li><strong>E-naslov kontaktne osebe vodilnega partnerja: <\/strong>darja.kusar@vf.uni-lj.si<\/li>\n<\/ul>\n<h3><strong>Projektni partnerji:<\/strong><\/h3>\n<p>\/<\/p>\n<h3><strong>Povezave:<\/strong><\/h3>\n<p><a href=\"https:\/\/www.dlib.si\/details\/URN:NBN:SI:DOC-0CUBFUDI\" target=\"_blank\" rel=\"noopener nofollow external noreferrer\" data-wpel-link=\"external\" class=\"wpel-icon-right\">Povezava na predstavitev projekta na Digitalno knji\u017enico Slovenije<i class=\"wpel-icon dashicons-before dashicons-external\" aria-hidden=\"true\"><\/i><\/a><\/p>\n<p><a href=\"https:\/\/www.vf.uni-lj.si\/podrocje\/ugotavljanje-poti-sirjenja-hude-gnilobe-cebelje-zalege-z-genetsko-tipizacijo-sevov\" target=\"_blank\" rel=\"noopener nofollow external noreferrer\" data-wpel-link=\"external\" class=\"wpel-icon-right\">Spletna stran projekta<i class=\"wpel-icon dashicons-before dashicons-external\" aria-hidden=\"true\"><\/i><\/a><\/p>\n<h3><strong>Gradivo:<\/strong><\/h3>\n<div class='w3eden'><!-- WPDM Link Template: Default Template -->\n\n<div class=\"link-template-default card mb-2\">\n    <div class=\"card-body\">\n        <div class=\"media\">\n            <div class=\"mr-3 img-48\"><img decoding=\"async\" class=\"lazyload wpdm_icon\" alt=\"Icon\" src=\"data:image\/gif;base64,R0lGODlhAQABAAAAACH5BAEKAAEALAAAAAABAAEAAAICTAEAOw==\" data-orig-src=\"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-content\/plugins\/download-manager\/assets\/file-type-icons\/pdf.svg\" \/><\/div>\n            <div class=\"media-body\">\n                <h3 class=\"package-title\"><a href=\"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/gradiva\/ugotavljanje-poti-sirjenja-hude-gnilobe-cebelje-zalege-z-genetsko-tipizacijo-sevov-povzrocitelja-bolezni-vsebinsko-porocilo\/\" data-wpel-link=\"internal\">Ugotavljanje poti \u0161irjenja hude gnilobe \u010debelje zalege z genetsko tipizacijo sevov povzro\u010ditelja bolezni (VSEBINSKO PORO\u010cILO)<\/a><\/h3>\n                <div class=\"text-muted text-small\"><i class=\"fas fa-copy\"><\/i> 1 file(s) <i class=\"fas fa-hdd ml-3\"><\/i> 2.52 MB<\/div>\n            <\/div>\n            <div class=\"ml-3\">\n                <a class=\"wpdm-download-link btn btn-link btn-xs\" rel=\"nofollow\" href=\"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/gradiva\/ugotavljanje-poti-sirjenja-hude-gnilobe-cebelje-zalege-z-genetsko-tipizacijo-sevov-povzrocitelja-bolezni-vsebinsko-porocilo\/?wpdmdl=6530&amp;refresh=6a1879f3727921779988979\" =_blank=\"\" data-wpel-link=\"internal\">Prenesi<\/a>\n            <\/div>\n        <\/div>\n    <\/div>\n<\/div>\n\n<\/div>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Namen in cilji raziskave \u010cebelarstvo ima v Sloveniji dolgoletno tradicijo. Po eni strani lahko govorimo o pomembni kmetijsko-gospodarski panogi, po &#8230;<\/p>\n","protected":false},"author":4,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"_acf_changed":false,"inline_featured_image":false,"sfsi_plus_gutenberg_text_before_share":"","sfsi_plus_gutenberg_show_text_before_share":"","sfsi_plus_gutenberg_icon_type":"","sfsi_plus_gutenberg_icon_alignemt":"","sfsi_plus_gutenburg_max_per_row":"","footnotes":""},"class_list":["post-6522","raziskave","type-raziskave","status-publish","hentry"],"acf":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-json\/wp\/v2\/raziskave\/6522","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-json\/wp\/v2\/raziskave"}],"about":[{"href":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-json\/wp\/v2\/types\/raziskave"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-json\/wp\/v2\/users\/4"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=6522"}],"version-history":[{"count":5,"href":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-json\/wp\/v2\/raziskave\/6522\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":6645,"href":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-json\/wp\/v2\/raziskave\/6522\/revisions\/6645"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/skp.si\/portal-znanja\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=6522"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}